1942年7月，張祕沿著一條正在興建的漢渝公路自漢中南下重慶，此道路由國共雙方聯合興建，此時漢渝公路即將完工(全部完工則在1943年)，張祕行走其間，部分路段乘車、部分路段步行，走了近20天才到重慶。漢渝公路路線圖，見圖1401。
圖1401 抗戰時修築的漢渝公路。
中央政治學校前期為黨務學校，1929年，校改組為「中央政治學校」，1937年，對日抗戰爆發，中央政校自南京紅紙廊地區西遷至重慶小溫泉。抗戰期間，調整教育方針，一切以抗戰救國為依歸。張祕考入本校外交系，後轉讀政治系。重慶中央政校位址設在重慶小溫泉區，本區範圍現為重慶工程學院南泉校區，西側臨南溫泉旅遊風景區，其位址，見圖1402。
圖1402 重慶中央政校校區位置圖。
中央政校當時為全公費教育學校，學校負責吃住等所有費用，並發給制服和被褥等基本生活用品，平時亦發放少許生活費用。校長為蔣中正先生，學校以傳統儒家理念育人，提倡「禮義廉恥、四維八德」。校內還有一幢建築，特意命名為「八德堂」。學校圖書館除收藏與學業有關的專科書籍外，還有不少國學方面的藏書，如《論語》、《史記》、《資治通鑒》、《增廣賢文》、《古文觀止》，另收藏有《唐詩》、《宋詞》、《元曲》等。蔣校長還親自推薦了《曾國藩家書》讓大家閱讀。每届新生入学，蔣校長都會來校訓話，勉勵學生一番。張祕入學也不例外，聽完國家領袖的鼓勵，越發感覺自己未來肩負責任之重大。
中央政治學校是抗戰時期內遷學校規模最大的一所，校區臨花溪河，溪內可泛舟，春來柳樹垂枝，蛙叫蟬鳴。背靠建文峰，層巒疊嶂，茂竹修林，奇花異草層出不窮。身在此校區，張祕總算是進入了一所全國一等一的大學，讀起書來也是雄心萬丈。這裡的伙食比第7中學好得多，宿舍有電燈也有蚊帳，因校區距離市中心有一段距離，也罕有日軍機轟炸情勢，有一回日機來轟炸，在空地上炸出了一個大坑，陳果夫教育長叫人將此彈坑闢為一個小水池，還栽種了一些花木在池旁，命名為「三八園」。
馬英九的母親馬鶴凌、母親秦厚修要比張秘早進校一年(1941年入學)，算是學長，他們都是湖南老鄉，在學習生活中產生感情，1944年8月在重慶喜結連理，也算是中央政校學校裡的佳話。
抗戰時間，張祕仍可輾轉寄信回家向母親報平安，而母親思子心切，也經常來信鼓勵張祕，這也是讓張祕得以放心並能夠繼續努力讀書的地方，期盼早日抗戰勝利，得以衣錦還鄉。學校教師多是聘請各地教育界菁英，或者國外留學返國的新知識青年，教學方法注重邏輯與推理，培養學生思考與活用的能力。
第7中學培育張祕從幼年進入青少年，中央政校則培養張祕從青少年正式進入青年，並讓張祕開了眼界，睜大眼能看到了世界，內心澎湃且壯志凌雲。日本侵華，殺掠侵擾，也使張祕為國家民族憂心忡忡，經常想到要投筆從戎，報效國家。
日本陸軍預定於1943年春季發動，以攻佔國民政府陪都重慶為目標，此作戰定名為「五號作戰」。作戰目標是將主力部隊自西安、武漢地區，以南北兩路發動進攻，擊潰中國中央軍主力，進入四川，攻佔重慶和四川各要地。由於「五號作戰」規模巨大，1942年底時，重慶地區風聲鶴唳。然準備進攻前，日軍發現不僅面臨可用兵力捉襟見肘的困難，在物資方面同樣短缺，因此於年底前放棄此計畫。「五號作戰」的進攻計劃，如圖1403。
圖1403 日本「五號作戰」攻勢計劃圖。
1944年4月至12月期間，日本陸軍再計畫於中國河南、湖南和廣西貫穿三地進行的一系列大規模攻勢。日方稱之為「一號作戰」或「大陸打通作戰」。此戰役主要分為三個階段：(1)進攻河南中部的豫中會戰。(2)進攻長沙的長衡會戰。(3)針對桂林與柳州的桂柳會戰。日本人的主要戰略目標為開通由東北經華中、華南前往中南半島的路線。此戰役，日軍給予中國（國民革命軍）人力與物質上相當大的損失。「一號作戰」的攻勢圖，見圖1405。
圖1405 日本侵華「一號作戰」攻勢計劃圖。
國民政府鑑於會戰不利，1944年8月中旬，蔣中正在國民參議會上提出「一寸山河一寸血，十萬青年十萬軍」的活動，政府號召知識青年，踴躍從軍，提高軍隊素質。構想中，共計劃招兵100,500人。國民政府的號召得到了各地青年學子的熱烈響應。1944年12月，125,500位知識青年經甄選合格陸續入營，共編3個軍9個師，準備加入國軍行列，增加軍隊素質，以對抗蠻橫兇殘的日本軍隊。
張祕自初中二年級後即開始加入流亡學生行列，從此過著顛沛流離的生活，見不著母親及兄姊，隨著同學漂流四處，見日軍在中國橫行，百姓苦於深淵，無數家庭破碎導致妻離子散。張祕心中鬱悶，此時剛讀完大學二年級，事逢中正先生號召，暫停學業，毅然報名，參加青年軍。
時青年學生分編為第201師至209師，分駐壁山、綦江、萬縣、瀘縣、貴州扎佐、漢中、昆明、黎川、上杭。並有部分青年軍分配至印度遠征，這些部隊於1945年9月組建為3個軍、1個獨立師。
張祕被分到207師，屬青年軍獨立師，師長先後為方先覺、羅友倫等。部隊在雲南曲靖成立，張祕於1945年底抵達曲靖，正式展開軍旅生活。